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助力课题申报:cell report期刊教你TCGA挖掘snoRNA

发表日期:2017-11-19 来源:湖南雅湘亲子鉴定中心
今天,小编又看到了国际顶尖期刊发表了TCGA挖掘snoRNA的研究机制,还是一样的感觉 ,全方位,多组学的配合。其次,关于snoRNA在癌症中的作用的知识正在兴起,但是snoRNA在癌症中的表达情况和临床相关性尚未被系统地研究。利用来自癌症基因组图谱(TCGA)的多个“组学”数据将可能是新兴起的热点,可以写些相关的课题进行申报。


知识:小核仁RNA(snoRNA)是长度为60-300nt的非编码RNA,它们主要分为C / d盒snoRNAs和H / ACA盒snoRNAs,,并与一组核心蛋白命名为核糖核蛋白(RNP)的相关联的以形成稳定的和功能性snoRNP颗粒,在哺乳动物中,大多数snoRNA编码在蛋白质编码或非编码基因的内含子中,其被称为“宿主基因”。宿主基因可能通过共转录影响snoRNA表达拷贝数变异(CNV)是基因表达的关键调节因子,并且已经被广泛研究用于蛋白质编码基因和非编码基因DNA甲基化是调节基因表达的常见表观遗传学机制这些发现提示snoRNA的表达可能受宿主基因,CNV和DNA甲基化的调控。新出现的证据揭示了snoRNA在肿瘤发生中的重要性。

文章思路:

1:snoRNA提取

整合了加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)基因组浏览器(hg19)和GENCODE(版本24)的最新注释,并获得了1,524个独特的snoRNA基因。 

2:通过宿主基因,CNV和DNA甲基化调节snoRNA表达

3:经使用来自多个平台的各种组学数据来分类肿瘤亚型

4:snoRNA亚型也与5种癌症类型(包括ACC,BRCA,KIRC,胃腺癌(STAD)和THCA)的肿瘤阶段高度一致,,snoRNA亚型在分类四种癌症类型的临床结果方面显示出预后价值。

5:鉴定临床相关的snoRNA为了全面鉴定临床相关的snoRNA,我们进行了一系列分析,以鉴定snoRNA在成对肿瘤和正常样品,肿瘤亚型之间,肿瘤阶段之间显示差异表达。

6:临床相关的snoRNA功能的影响 为了确定临床相关snoRNA在人类癌症中的功能作用,我们基于以下标准将snoRNA优先化:(1)长度超过100bp的序列; (2)snoRNA序列中没有重复元件; 和(3)相对较高的表达水平。我们选择了前10个snoRNA。作者进行了pulldown方法。

7:重磅:作者提供了实验室一个用户友好的数据门户网,探索癌症中的snoRNA研究神器,需要的网友加小编微信:1478115560。感觉不错分享到朋友圈哦,文献和网址将发给你


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一篇来自cell期刊告诉你TCGA软组织肿瘤数据挖掘正确姿势

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