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DNA亲子鉴定新闻

手把手教用R语言快速TCGA肿瘤大数据分组及特定基因表达数据合并

发表日期:2017-11-5 来源:湖南雅湘亲子鉴定中心
简  介 很多学者都喜欢用TCGA肿瘤数据去发文章,然而,我们在下载了TCGA的基因表达谱数据及临床相关信息数据后,面临着大样本的数据,出现了问题。

问题:如何整理数据,关联相关数据的问题

本课程将为大家讲解,利用笔者编写R语言代码,把您的问题快速解决。让你可能花漫长的甚至要几个月的时间,用我们的办法可能不超过5分钟。
学习前提基础: 学习本课程学员需要有一定的R语言基础,电脑应当安装好R和Rstudio,有一定TCGA数据库基础,会下载TCGA数据。如果大家还没有安装R软件,可以咨询我,笔者会手把手的教你安装R。笔者QQ和微信同号:1478115560,大家可以就问题进行询问。



讲师介绍

大家好,我是小伍,来自湖南,在读博士,法医学和肿瘤病理学专业,本人现已具备大数据等生物信息分析能力:对TCGA肿瘤数据库及GEO数据挖掘有熟练的了解,对各种蛋白预测,算法有一定的研究见解。熟悉R语言等大数据编程能力 。 

学习目标

通过本堂课的学习,让学员基本掌握基因表达数据特定基因的提取,数据行和列的处理、TCGA临床数据的分组,以及与基因表达数据合并。

适用人群

医学和生命科学领域,TCGA数据挖掘的科研人员,癌症相关研究人员,医学研究人员

课程概述

很多学者都喜欢用TCGA肿瘤数据去挖掘一些金子,然而,我们在下载了TCGA的基因表达谱数据及临床相关信息数据后,面临着大样本的数据,出现了问题。

1:数据量大,一个一个的样本临床数据和感兴趣的基因表达数据如何合并。

2:对特定基因表达数据如何分组。

3:对临床相关数据比如年龄、临床分期、TNM等信息分组,样本量大,一个一个的敲时间太过漫长。

本课堂讲利用R语言代码,把您的问题一步一步的自动化解决。让你如花漫长的甚至要几个月的时候处理数据,用我们的办法可能不超过5分钟

本课程是生物信息学专业课程,需要用到一些专业术语,遇到不明白的可以提问或者直接检索。  

我是一名从事肿瘤病理和法医学专业的专业人士,爱好法学,...

主页地址 : http://w2892446.ke.qq.com


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